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This is a website that provides useful information in the life sciences.
Anyone is free to browse and reuse it.
* ・ Video manual for databases and tools
* ・ Lectures, training videos and documents
* ・ Illustrations
e.g. :
PubMed , BLAST , NGS Hands-on training
SEARCH BY SKILL-BASED COURSES (IN JAPANESE ONLY)
* ウェブブラウザ上でRNA-seqデータ解析をする
2時間27分
ウェブブラウザ上でRNA-seqデータ解析をする
再生リスト一覧
* ブラウザ上でRNA-seqデータを解析する @ AJACSオンライン14
* RaNA-seqを使ってウェブブラウザ上でRNA-seqデータを解析する
* iDEPを使ってウェブブラウザ上でRNA-seqデータ解析を行う
* TCC-GUI を使って RNA-seq データの解析をブラウザで行う
* GREINを使ってNCBI GEOのRNA-seqデータを分析する
* BioJupiesを使ってウェブブラウザ上でRNA-seqデータ解析を行う
* Digital Expression Explorer 2 を使って解析済みRNA-seqデータを取得する
* Degustを使ってRNA-Seqデータの発現変動遺伝子解析をする
* 疾患に関連するバリアントや遺伝子発現の情報を調べる
6時間32分
疾患に関連するバリアントや遺伝子発現の情報を調べる
再生リスト一覧
* TogoVar でヒトゲノムに存在するバリアントに関連する情報を調べる 2019
* 臨床ゲノム情報統合データベース MGeND を使ってゲノムと疾患の関連を調べる
* NCBI dbSNP を使って遺伝子の多型情報を調べる
* UCSC Genome Browser を使ってdbSNP の情報を調べる
* Ingenuity Variant Analysis で 変異解析を行う
* CLC Genomics Workbench の使い方 変異解析編
* COSMIC-3Dを使って がん遺伝子のコードするタンパク質の立体構造を がんで見られる変異の情報と重ねて見る
* COSMICでがん遺伝子の体細胞変異について調べる
* GTEx Portalを使ってヒトの各組織での遺伝子発現量や影響するeQTLを調べる
* The Cancer Genome Atlas (TCGA) を使って各癌種の公開データを検索・ダウンロードする
* The Cancer Genome Atlas (TCGA) を使って各癌種の公開データを解析する
* UCSC Xenaを使って公開がんゲノムデータを解析する
* iMETHYL を使って多型やeQTL情報と紐づいたメチル化情報を活用する
* jMorpを使って代謝物の血中濃度とSNPの関係や変異部位の立体構造を調べる
* GWAS Catalog を使ってGWASで見つかった形質と多型の関連について検索する
* ClinVar を使って疾患に関連するバリアントを検索する
* gnomAD v2.1.1 を使ってヒトバリアントの集団中のアレル頻度を調べる
* バリアントの機能を推定する @ AJACSオンライン9
* 表現型と遺伝子型のデータを共有および比較する @ AJACSオンライン9
* TogoVarを使ってヒトゲノムに存在するバリアントに関連する情報を調べる @ AJACSオンライン9
* gnomAD SVs v2.1 を使って構造バリアントを検索する
* UCSC Genome Browserを使ってClinVarに登録されているSNVとCNVを検索する
* DECIPHER Genome Viewerを使ってバリアント検索をする
* OMIMを使ってヒトの遺伝性疾患とそれに関連する遺伝子･バリアントを調べる
* DECIPHER Phenotype browserを使って表現型以上の分類からバリアントを調べる
* Polyphen-2を使ってバリアントによって起こるアミノ酸置換の影響を調べる
* Ensembl Variant Effect Predictorを使ってバリアントがタンパク質の構造や相互作用に与える影響を調べる
* 文献の検索や管理、情報収集に役立つツール
2時間24分
文献の検索や管理、情報収集に役立つツール
再生リスト一覧
* PubMedを使って論文を検索する
* Microsoft Academic を使って論文を検索する
* Zoteroを使って文献情報の管理や引用文献リストを作成する
* Paperpileを使って文献情報の管理や引用文献リストを作成する
* Mendeleyを使って文献情報の管理や引用文献リストを作成する
* 研究者のためのGoogle活用術 〜Google Scholarを中心に〜 2017
* PMC (PubMedCentral) の使い方 2017
* NCBI Bookshelfの使い方 2018
* Colilを使って論文の引用情報を検索する
* Allieを使って略語の正式名称を検索する 2017
* 文献情報サービスRefWorksで文献管理を行う
* EndNote Webを利用して文献管理をする
* figshare の使い方
* 研究者情報レジストリサービスORCIDのID取得方法
* ライフサイエンス新着論文レビュー FirstAuthor's を使い倒す
* ライフサイエンス領域融合レビューLeadingAuthor'sを使い倒す
* Integbioデータベースカタログの使い方 2017
* 国立国会図書館サーチの使い方
* CiNiiを使って日本語論文を検索する
* Mathpix Snip を使って表や手書きの数式を TeX に変換する
* ラボの新人がまずマスターしたいデータベース・ウェブツール (2020年4月)
1時間53分
ラボの新人がまずマスターしたいデータベース・ウェブツール (2020年4月)
研究室に入ってきた新人が必ず知っておくべき「論文の効率的な検索方法」、「研究発表資料の作成に必要なパワーポイントの図形描画機能」、「Google各種サービスを使って研究生活を効率化する」という3つのテーマに関する10本の動画を紹介します。
https://biosciencedbc.jp/blog/20200511-01.html
再生リスト一覧
* PubMedを使って論文を検索する
* PMC (PubMedCentral) の使い方 2017
* 研究者のためのGoogle活用術 〜Google Scholarを中心に〜 2017
* パワーポイントの図形描画機能で科学イラストを作る〜遠沈管編〜 2018
* パワーポイントの図形描画機能で科学イラストを作る・2 〜「図形の結合」「グラデーション」編〜
* パワーポイントの図形描画機能で科学イラストを作る・3 〜「3-D」編〜
* Gmailの使い方 〜メールの送受信、作成、検索の基本とラベル、フィルタを使った整理方法〜
* Googleドライブを用いてオンラインで書類を作製・編集・共有する 2018
* Google スライドの図形描画機能で科学イラストを作る
* Googleフォームを使ってアンケートや募集フォームを作成する 2019
* 文章の執筆に役立つツール
1時間56分
文章の執筆に役立つツール
再生リスト一覧
* Googleドライブを用いてオンラインで書類を作製・編集・共有する 2018
* inMeXesを使って文献に頻出する英語表現や関連語を高速に検索する 2018
* Overleaf を使って論文を執筆する
* Grammarly を使って英文校正をする
* difff《ﾃﾞｭﾌﾌ》を使って文章の変更箇所を調べる
* Dropboxを利用して資料をオンラインで管理する
* Colilを使って論文の引用情報を検索する
* Allieを使って略語の正式名称を検索する 2017
* HackMDを使って様々なプラットフォームからリアルタイムにノートの編集を行う
* Paperpileを使って文献情報の管理や引用文献リストを作成する
* Mathpix Snip を使って表や手書きの数式を TeX に変換する
* Mendeleyを使って文献情報の管理や引用文献リストを作成する
* Zoteroを使って文献情報の管理や引用文献リストを作成する
* Microsoft Academic を使って論文を検索する
* TexMedを使ってPubMedの論文情報をBibTeX形式で出力する
* Cloud LaTeX を使って文章やスライドを作成する
* 図表を作成する
1時間22分
図表を作成する
再生リスト一覧
* パワーポイントの図形描画機能で科学イラストを作る〜遠沈管編〜 2018
* パワーポイントの図形描画機能で科学イラストを作る・2 〜「図形の結合」「グラデーション」編〜
* パワーポイントの図形描画機能で科学イラストを作る・3 〜「3-D」編〜
* Google スライドの図形描画機能で科学イラストを作る
* BioRender を使って生命科学研究の模式図を作成する
* Highcharts Cloudをつかってグラフを作成する
* R Graphical Manual を使って R で作図する
* ウェブツール Draw Venn Diagram を利用してベン図を作成する
* draw.io を使って、フローチャートやネットワーク図を簡単に描く
* 塩基配列の検索、取得、比較を行う
1時間50分
塩基配列の検索、取得、比較を行う
再生リスト一覧
* 遺伝子のRefSeq IDを調べ、そのmRNA、アミノ酸配列を取得する
* GGGenome《ゲゲゲノム》を使って高速塩基配列検索をする 2018
* Ensembl genome browser を使って塩基配列のアラインメントを作成し生物種間で比較する 2019
* ENAを使ってNGSデータとそのメタデータを効率よく検索する
* UCSC BLATを使って、ウイルスの持ち出した宿主の遺伝子配列がコードされている領域をアミノ酸配列レベルでゲノム中から探し当てる 2017
* MEGA7を使って配列のアラインメント・系統解析を行う
* Ensemblの使い方 〜配列を取得する〜2017
* Local BLAST の使い方 〜検索実行・オプション〜 (MacOSX版) 2017
* 高速アラインメントツールBLATをプライマー設計支援ツールとして使う 2017
* Local BLAST の使い方〜導入・準備編(MacOSX版)〜 2017
* NCBI BLASTの使い方 〜基本編〜 2017
* SequenceServerを使って自分のPCで簡単BLAST検索
* MAFFT を使ってマルチプルアラインメントを行う
* Clustal Omega を使ってマルチプルアラインメントを行う
* BioMart v0.9を使い倒す 〜遺伝子情報や配列を取得する〜
* バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
30時間19分
バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
Bio"Pack"athon（バイオパッカソン）は、生命科学分野で利用されるデータベースや、データ解析手法を、各種プログラミング言語のパッケージとして実装し、オープンソースとして公開することを目的としたハッカソンです。
https://sites.google.com/view/biopackathon Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催) ・日本語によるパッケージング教材の拡充化 ・Bioconductorへの登録サポート
パッケージングに興味がある方、 パッケージ化したいデータベースや 解析手法がある方は、ぜひお気軽に
ご参加ください。Twitterアカウント@biopackathonにて最新情報を発信しています。
再生リスト一覧
* GitHub Packagesによるツール開発･公開 @ Bio”Pack”athon2021#12
* HexStickerの紹介 @ Bio”Pack”athon2021#11
* ワークショップパッケージ導入手順 @ Bio”Pack”athon2021#10
* Bio”Pack”athonの紹介 @ Bio”Pack”athon2021#9
* 最短で習得するRパッケージ開発入門(後編) @ Bio”Pack”athon2022#5
* 最短で習得するRパッケージ開発入門(前編) @ Bio”Pack”athon2021#9
* データ前処理の便利関数 einsumの紹介 @ Bio”Pack”athon2021#12
* データ解析者、ツール開発者のDocker利用シーン5選 @ Bio”Pack”athon2021#4
* CRAN/Bioconductorのレビューについて傾向と対策 2021Ver @ Bio”Pack”athon2021#5
* CRANパッケージの作成・投稿とコードレビュー対応〜GoogleImage2Array〜 @ Bio”Pack”athon2021#10
* Juliaのパッケージ開発2022年版 @ Bio”Pack”athon2022#2
* Treefitのパッケージング @ Bio”Pack”athon2022#4
* 細胞分化の軌跡推定に関するソフトウェアTreefitの概要 @ Bio”Pack”athon2022#4
* BioRubyのパッケージング @ Bio”Pack”athon2022#1
* データ解析ワークフローを無駄なく、再現可能にするRパッケージ｢targets｣の紹介 @ Bio”Pack”athon2022#1
* PythonパッケージのPyPI登録手順の紹介 @ Bio”Pack”athon2021#10
* AnnotationHub によるR/Bioconductorアノテーションパッケージの公開ガイドライン @
Bio”Pack”athon2021#3
* Snakemakeの紹介 @ Bio”Pack”athon2020#6
* Bioconductorにおけるtidyなデータ解析の最新動向 @ Bio”Pack”athon2020#11
* F1000 Research誌の紹介 @ Bio”Pack”athon2020#8
* コード、データ、計算環境をまるごと公開するサービスCode Oceanの紹介 @ Bio”Pack”athon2020#9、#10
* ケモインフォマティクス･マテリアルズインフォマティクス･プロセスインフォマティクスを加速するDCEKit @
Bio”Pack”athon2022#7
* FANTOM5におけるUCSC Genome Browser Track Hubの利用とその展開 @ Bio”Pack”athon2022#9
* 転写制御データ基盤のためのシスエレメント・データベースの開発 @ Bio"Pack"athon2022#9
* Seurat の最近のトピック @ Bio"Pack"athon2022#10
* jqっぽくGenBankファイルをいじくりまわすツール｢GTS｣ @ Bio”Pack”athon2022#5
* 細胞の多面的分類を行う遺伝子発現解析ツールの開発とBioconductor奮闘記 @ Bio”Pack”athon2022#11
* Julia高速化の常識･非常識 @ Bio”Pack”athon2022#12
* GitHub Releaseの解説 @ Bio”Pack”athon2023#01
* 理解して使うRNA Velocity解析ツール -最近のツールの紹介-
* 理解して使うRNA Velocity解析ツール -実践編-
* 理解して使うRNA Velocity解析ツール -理論/基礎編-
* Rのパーソナルパッケージリポジトリ「R-universe」システムとは？ @ Bio”Pack”athon2023#3
* TDbasedUFE on Bioconductor 3.17 @ Bio”Pack”athon2023#3
* BioPCoC: Bio”Pack”athon の行動規範 @ Bio”Pack”athon2023#5
* ChatGPTの現状理解とR関数&パッケージ作成への活用 @ Bio”Pack”athon2023#5
* 環境構築フリー&インタラクティブな細胞ブラウザkanaの紹介 @ Bio”Pack”athon2023#5
* Journal of Open Source Software（JOSS）誌の紹介 @ Bio”Pack”athon2023#6
* ChatGPTの現状理解と2023年6月のLLM情報 @ Bio”Pack”athon2023#6
* rOpenSciコミュニティの紹介 @ Bio”Pack”athon2023#6
* ChatGPTの現状理解と2023年7月版LLM情報アップデート @ Bio”Pack”athon2023#7
* OSSライセンスのまとめ @ Bio”Pack”athon2023#7
* ワークフローツールの開発 @ Bio”Pack”athon2023#8
* ChatGPTの現状理解と2023年9月版LLM情報アップデート @ Bio”Pack”athon2023#9
* PyOpenSci の紹介 @ Bio”Pack”athon2023#9
* Rパッケージ「tomoseqr」の開発とBioconductorへの登録 @ Bio”Pack”athon2023#10
* ChatGPTの現状理解と2023年10月版LLM情報アップデート @ Bio”Pack”athon2023#10
* データに関する各種トピック (FAIR原則、DOI、データ論文) @ Bio”Pack”athon2023#10
* ゲノムブラウザを使ってゲノム配列に関連する情報を検索・取得・可視化する
1時間13分
ゲノムブラウザを使ってゲノム配列に関連する情報を検索・取得・可視化する
再生リスト一覧
* UCSC Genome Browser を使って遺伝子を検索し、ゲノムブラウザ上にさまざまな情報を表示する
* UCSC Genome Browserで表示できるアノテーションを調べる 2018
* UCSC Genome Browser を使ってdbSNP の情報を調べる
* UCSC Genome Browser を使って様々な組織、細胞における遺伝子発現データをゲノムブラウザで表示する
* GGGenome 《ゲゲゲノム》 で転写因子結合サイトを検索してゲノムブラウザに表示する
* UCSC Genome Browser を使って様々な目的の配列を取得する
* Ensemblゲノムブラウザを使って遺伝子の場所や周辺情報を調べる 2017
* Ensembl genome browser を使って塩基配列のアラインメントを作成し生物種間で比較する 2019
* Integrative Genomics Viewer IGVを使い倒す 〜基本編〜
* Integrative Genomics Viewer IGVを使い倒す 〜マッピングデータを可視化する〜
* UCSC Track Hubs を使って大規模な公共データをゲノムブラウザで閲覧する
* 公共の遺伝子発現データの検索や解析を行う
2時間43分
公共の遺伝子発現データの検索や解析を行う
再生リスト一覧
* NCBI GEO を使ってRNA-seqの生データおよびカウントデータを取得する
* The Human Protein Atlasを使ってヒトのタンパク質発現情報を調べる
* NCBI GEO を使ってRNA-seqデータを検索する
* NCBI GEOのGEO2Rを使って公開されているマイクロアレイデータを解析する
* MGIを使ってマウスの遺伝子発現情報を調べる 2019
* NCBI GEOのデータセットブラウザを使って公共データの遺伝子発現解析を行う 2019
* IMOTA を使って、組織別に分類された様々なマルチオミクスデータ(miRNA/mRNA/protein)を調べる
* Spotfireを用いた公共マイクロアレイデータとローカルなデータの統合 2019
* Bgee を使って、複数の生物種の正常組織における遺伝子発現データを検索、比較、取得する
* AOEを使って遺伝子発現データベースの統計を見ながら検索する 2018
* Expression Atlas で 様々な生物種の組織や疾患などにおける遺伝子発現の情報を調べる
* OmicsDI を使って様々なデータベースからオミクスデータを縦断的に検索する
* MGIを使ってノックアウトマウスの情報を調べる 2018
* NCBI GEO の使い方2 〜遺伝子プロファイルの検索・処理済みデータの取得〜 2018
* GTEx Portalを使ってヒトの各組織での遺伝子発現量や影響するeQTLを調べる
* UCSC VisiGeneを使って生体内におけるmRNAの局在を調べる 2017
* Allen Brain Atlasを使い倒す 〜基本編〜 2017
* NCBI GEOの使い方1 〜マイクロアレイデータの検索・取得〜2017
* Arabidopsis eFP Browser でシロイヌナズナの遺伝子発現情報を見る
* RefExの使い方
* Human Brain Transcriptomeを使ってヒトの脳の発達に関する時空間トランスクリプトームを見る
NEW VIDEOS
* 37min48sec
2023-11-17本日の統合TVは、2023年11月12日に開催された特別授業＆体験型ワークショップ「分子系統樹をつくろう」から、 広島大学
理学部生物科学科 大学院統合生命科学研究科 ゲノム情報科学研究室 坊農 秀雅 氏 による「研究がつなぐ未来
バイオインフォマティクスの役割」をお送りします。
* 12min24sec
2023-11-14PathVisioは、生物学的なパスウェイ図の描画、編集、解析が可能な無料のオープンソースのソフトウェアです。このソフトウェアは、生物の各種パスウェイに関する情報を統一された形式で共有するオープンアクセスのプラットフォーム「WikiPathways」と密接に連携しています(統合TV動画マニュアル)。本動画では、論文に掲載されたパスウェイ図をもとに、WikiPathways向けの解析・可視化・編集可能なパスウェイ図を作成し、公開する手順を紹介します。
* 6min53sec
2023-11-10Reactome
はヒトの生体中での反応やパスウェイを整備したデータベースです。それぞれの分野の専門家が編集しているため、信頼性の高いデータが得られます。代謝以外にもシグナル伝達や膜輸送、感染など様々なパスウェイが扱われています。DNA
マイクロアレイやプロテオーム解析、メタボローム解析の結果を解釈する際にも利用できます。今回は、実験で得た遺伝子やタンパク質などのリストを用いて、それらの分子がより深く関与するreactomeのパスウェイを(相互作用因子を含めて)検索したり、(時系列を含む)発現量のデータをパスウェイにマッピングして可視化する方法などについて紹介します。
* 7min50sec
2023-10-31DBRP(生物資源データプラットフォーム、Data and Biological Resource
Platform)は、NBRC(NITE Biological Resource
Center)が運営している微生物に関するデータプラットフォームです。NBRCは微生物の収集・保存・提供・技術支援などを行っている機関で、多くの微生物株を保有しています。DBRPでは、NBRCが保有している微生物株を中心に、微生物株のデータとその関連データを見ることができます。NBRC以外の企業・大学・公的機関などからもデータが提供され、それらの一部は誰でも閲覧することができます。現在、5万件以上の微生物株情報がデータベース化され、随時更新されています。日本語での検索に対応しており、様々な箇所にわかりやすい説明が日本語で記載されているため、微生物の専門家だけではなく、初学者にとっても利用しやすいサービスとなっています。この動画ではDBRPを使って微生物に関する情報を検索するための基本的な利用方法について紹介します。
* 8min59sec
2023-10-30NCBI GEO (Gene Expression
Omnibus)はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。GEOには、主にRNA-seqやマイクロアレイ実験で得られたデータが日々蓄積されており、その登録データ数は世界最大です。それらの中から、自分の興味のある発現データセットや遺伝子プロファイルを検索することができるだけでなく、それらの生データを自由にダウンロードすることが可能です。
今回は、Macのターミナルを使用してRNA-seq解析に必要なデータのダウンロード方法と、fastqファイルの作成までを紹介します。動画の前半部分ではデータをダウンロードする前に必要な準備としてHomebrewを用いた環境構築方法について説明しています。後半では、導入したSRA
Toolkit や pigzを用いて複数のRNA-seqデータを並列にダウンロードし、圧縮保存する方法について説明しています。
* 28min56sec
2023-10-292023年10月18日に開催されたBio"Pack"athon 2023 #10から、露崎 弘毅 氏による「データに関する各種トピック
(FAIR原則、DOI、データ論文)」をお送りします。本講演では、生命科学研究におけるデータ公開に関する取り決めであるFAIR原則や、URLの変更によるリンク切れを起こしづらくする仕組みであるDigital
Object Identifier
(DOI)、再現性のあるデータの公開を目的としたデータレポジトリ及びそれを評価するための枠組みであるデータ論文について解説します。この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
* ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
* ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
* ・Bioconductorへの登録サポート
パッケージングに興味がある方、 パッケージ化したいデータベースや 解析手法がある方は、ぜひお気軽に
ご参加ください。Twitterアカウント@biopackathonにて最新情報を発信しています。
* 31min33sec
2023-10-282023年10月18日に開催されたBio"Pack"athon 2023 #10から、松澤 亮輔
氏による「Rパッケージ「tomoseqr」の開発とBioconductorへの登録」をお送りします。本講演では、松澤氏が開発したRNAトモグラフィデータを利用して遺伝子の3次元空間発現分布を推定するRパッケージであるtomoseqrの概要と、パッケージをBioconductorに登録するまでの手順を紹介します。この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
* ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
* ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
* ・Bioconductorへの登録サポート
パッケージングに興味がある方、 パッケージ化したいデータベースや 解析手法がある方は、ぜひお気軽に
ご参加ください。Twitterアカウント@biopackathonにて最新情報を発信しています。
* 27min16sec
2023-10-272023年10月18日に開催されたBio"Pack"athon 2023 #10から、久米 慧嗣
氏による「ChatGPTの現状理解と2023年10月版LLM情報アップデート」をお送りします。本講演では、話題の大規模言語モデル（LLM）に関連したトピックを紹介しています。この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
* ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
* ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
* ・Bioconductorへの登録サポート
パッケージングに興味がある方、 パッケージ化したいデータベースや 解析手法がある方は、ぜひお気軽に
ご参加ください。Twitterアカウント@biopackathonにて最新情報を発信しています。
* 17min57sec
2023-10-26 本日の統合TVは、2023年10月5日に開催されたトーゴーの日シンポジウム2023 の基盤技術開発・ウェブサービスセッションから川嶋
実苗 (JST NBDC事業推進部 客員研究員) 氏
による、｢NBDCヒトデータベースのこれまでの10年、これからの10年｣をお送りします。講演要旨は以下のとおりです。
2013年4月にNBDCヒトデータベースにおけるデータ共有のためのルールとして「NBDCヒトデータ共有ガイドライン」および「NBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドライン」を施行、同年10月に運用を開始してから、ちょうど10年になる。10年前は、機微情報を含むヒトを対象とした研究において出力された解析データを一元管理し、適切に共有するための情報基盤が存在しなかった。しかしこの10年のオープンサイエンス・オープンデータの潮流により、研究成果の再現性検証や利活用をするためのデータ共有が当たり前になった。では次の10年で何を目指すべきか、どのようなサービスを提供できるか、について考えたい。
本シンポジウムの一連の動画は、YouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
* 17min18sec
2023-10-25 本日の統合TVは、2023年10月5日に開催されたトーゴーの日シンポジウム2023 の基盤技術開発・ウェブサービスセッションから片山
俊明 (大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 特任教授 (兼務 / 副センター長) ) 氏
による、｢DBCLSにおけるデータ統合とデータベース事業のこれから｣をお送りします。講演要旨は以下のとおりです。
本事業は基盤技術開発と統合化推進プログラム (DICP)
の両輪で進んできた。データベースには研究から得られる１次データベースを格納するレポジトリ機能と、これまでに得られた生命科学の知見をアノテーションとしてまとめる知識ベースの機能がある。DICPは主に前者を（後者も一部含まれる）、DBCLSでは主に後者とそれに資する技術基盤を開発してきた。主要な生命医科学のデータベースを知識グラフの形で統合してきたが、再利用性の高いデータを提供するためのベストプラクティスを共有することで、今後のデータベース開発を効率的に進めることができると期待される。一方で、統合されたデータの研究における利活用を事例を示していくことがデータ科学の推進に求められており、今後の取組について議論したい。
本シンポジウムの一連の動画は、YouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
* 15min14sec
2023-10-24 本日の統合TVは、2023年10月5日に開催されたトーゴーの日シンポジウム2023 の統合化推進プログラムセッションから栗栖 源嗣
(大阪大学 蛋白質研究所 教授) 氏 による、｢AlphaFold時代のProtein Data Bank｣をお送りします。講演要旨は以下のとおりです。
機械学習により配列情報から高精度に立体構造を予測する手法 (AlphaFoldおよびRoseTTAFold)
が開発され、広く生命科学研究に浸透してきた。構造生物学的にも、予測構造と低分解能の実験情報とを組み合わせた新しいタイプの構造解析が急速に発信され始めている。例えば、配列の
70％ は実験により構造決定し、残り 30％ は予測構造を積極的に活用して 100% の全体構造として PDB
に登録する事例などが該当する。予測構造と実験構造が混合するのが当たり前となる時代に、構造データ全体をどう評価し活用していくのが最良なのかなど、蛋白質構造データベース
(Protein Data Bank) が AI をどう活用していくべきか議論したい。
本シンポジウムの一連の動画は、YouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
* 15min11sec
2023-10-23 本日の統合TVは、2023年10月5日に開催されたトーゴーの日シンポジウム2023 の統合化推進プログラムセッションから粕川 雄也
(理化学研究所 生命医科学研究センター チームリーダー) 氏 による、｢統合的な転写制御データ基盤 INTRARED
の構築について｣をお送りします。講演要旨は以下のとおりです。
プロモーターやエンハンサー等のゲノム中の転写制御領域であるシスエレメント
(CRE)、ゲノムに結合する転写因子等のトランス因子、メチル化やクロマチン状態等のエピゲノム状態といった転写制御に関わる３つの要素について、これらをカバーするデータ基盤INTRARED
(https://www.intrared.org/) を構築している。INTRAREDはシスエレメントを対象としたfanta.bio
(https://fanta.bio/) と、トランス因子・エピゲノム状態を対象としたChIP-Atlas
(https://chip-atlas.org/)
で構成され、両データベースを連携させることで転写制御に関する様々な情報を集約、統合的に検索できるようにすることを目指す。
本シンポジウムの一連の動画は、YouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
* 14min40sec
2023-10-22 本日の統合TVは、2023年10月5日に開催されたトーゴーの日シンポジウム2023 の統合化推進プログラムセッションから大林 武
(東北大学 大学院情報科学研究科 教授) 氏 による、｢非モデル植物のための遺伝子ネットワーク情報活用基盤｣をお送りします。講演要旨は以下のとおりです。
人類社会は食糧・工業原料・エネルギーの多くを一次生産者である植物に依存しており、その持続的・効率的な利用には広範な植物科学研究が欠かせない。多様な植物のゲノム解読が進む中で、それらの遺伝子機能の情報は常に不足しており、モデル植物から非モデル植物への適切な情報転移が大きなボトルネックとなっている。そこで、これまでに開発してきた植物の遺伝子共発現データベースであるATTED-IIを基に、遺伝子共発現ネットワークを非モデル植物研究に利用するための基盤を構築する。
本シンポジウムの一連の動画は、YouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
* 11min9sec
2023-10-21 本日の統合TVは、2023年10月5日に開催されたトーゴーの日シンポジウム2023 の統合化推進プログラムセッションから伊藤 隆司
(NBDC統合化推進プログラム 研究総括 / 九州大学 大学院医学研究院 教授) 氏
による、｢統合化推進プログラムの新たな挑戦｣をお送りします。講演要旨は以下のとおりです。
統合化推進プログラムは、2011年にバイオ系データベースの統合を目的に発足した。以来、３期11年間で31課題を支援し、我が国を代表するデータベースの発展を支え続けてきた。現在進行中の第４期においては、従来規模の８課題を支援するのみならず、新規に育成型を設けて３課題の支援も開始した。データベースにはライフステージに応じた支援が必要であり、育成型は支援複線化に向けた第一歩である。本プログラムの現状と挑戦を紹介する本講演が、大きな変革期に入ったバイオサイエンスにおけるデータベースとその支援の在り方を考えて頂く契機になれば幸いである。
本シンポジウムの一連の動画は、YouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
* 31min20sec
2023-10-20 本日の統合TVは、2023年10月5日に開催されたトーゴーの日シンポジウム2023 の招待講演セッションから赤池 伸一 (内閣府
科学技術・イノベーション推進事務局 参事官) 氏 による、｢日本のオープンサイエンス政策について｣をお送りします。講演要旨は以下のとおりです。
本年5月に我が国で開催されたG7首脳会合及び科学技術大臣会合においてオープンサイエンスは主要項目とされているとともに、第6期科学技術・イノベーション基本計画においても「新たな研究システムの構築（オープンサイエンスとデータ駆動型研究の推進）」を明記し、積極的に推進している。最近は学術論文だけでなく、プレプリントや研究データなど研究成果の発信の形態も多様化しており、最近のオープンサイエンスを巡る政策動向について概説するとともに、今後の課題を示す。
本シンポジウムの一連の動画は、YouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
* 14min30sec
2023-09-22 The Human Protein
Atlas(HPA)は、スウェーデンの研究グループ(スウェーデン王立工科大学、ウプサラ大学、SciLifeLab)が提供している、ヒトのタンパク質の発現情報データベースです。抗体ベースのイメージング、トランスクリプトミクス、システム生物学など様々なオミクス技術を統合して、細胞や組織、臓器に存在するヒトのタンパク質発現を多角的に調べることができるウェブサイトです。2023年6月にアップデートされた最新バージョン
(version 23) では、ゲノムアセンブリ(Ensembl
v109)の更新とタンパク質間相互作用の新セクションが追加され、11,000以上の遺伝子のタンパク質間相互作用ネットワークを、3,000近い遺伝子の代謝マップとともに調べることができます。また、組織セクションでは、ヒト遺伝子の80%以上について、44の正常組織の免疫組織化学ベースのタンパク質発現プロファイルと54組織のmRNA発現データを同時に調べることができます。
* 10min11sec
2023-09-21WikiPathwaysは、生物のパスウェイ情報が統一された形式で提供されているオープンアクセスのプラットフォームです(原著論文:
WikiPathways: connecting
communities)。誰でも無料でパスウェイ図を検索、利用できるだけでなく、wiki形式を採用しているため、新たなパスウェイ図をユーザーが作成し、投稿することもできます。また、WikiPathwaysに投稿されたパスウェイ図のデータを用いることで、従来の論文中に記載された静的な図の情報とは異なり、そのパスウェイのデータに基づいた詳細な解析を行うことができます。WikiPathwaysを活用することにより、様々な生物の生命現象を深く理解することにつながることが期待されます。本動画ではWikiPathwaysの基本的な使い方について紹介します。
* 27min3sec
2023-09-202023年9月13日に開催されたBio"Pack"athon 2023
#9から、西田孝三氏による「pyOpenSciの紹介」をお送りします。PythonコミュニティであるpyOpenSciの活動（1.
Pythonパッケージの査読、2. Journal of Open Source
Software（JOSS）誌や、Astropyなど他の科学コミュニティとの連携、3.
Pythonパッケージ開発の教材の作成・提供）について紹介しています。この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
* ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
* ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
* ・Bioconductorへの登録サポート
パッケージングに興味がある方、 パッケージ化したいデータベースや 解析手法がある方は、ぜひお気軽に
ご参加ください。Twitterアカウント@biopackathonにて最新情報を発信しています。
* 32min51sec
2023-09-192023年9月13日に開催されたBio"Pack"athon 2023 #9から、久米 慧嗣
氏による「ChatGPTの現状理解と2023年9月版LLM情報アップデート」をお送りします。本講演の前半では、話題の大規模言語モデル（LLM）であるChatGPTに関する情報提供を行い、後半では久米氏が開発したchatAI4Rパッケージで、Rパッケージ開発にChatGPTを利用した事例について紹介しています。この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
* ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
* ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
* ・Bioconductorへの登録サポート
パッケージングに興味がある方、 パッケージ化したいデータベースや 解析手法がある方は、ぜひお気軽に
ご参加ください。Twitterアカウント@biopackathonにて最新情報を発信しています。
* 57min52sec
2023-09-11本日の統合TVは、2023年8月30日に開催された統合データベース講習会:AJACSオンライン17から、理化学研究所
環境資源科学研究センター 早川 英介 氏 による「メタボロームデータ解析と活用法:
データベースとオンラインツールの使い方」(講習スライド)をお送りします。
本講習は、メタボロームデータの解析法および公共データベース活用法の解説を通して、他のオミクス研究者や初学者がデータ解析のフローを理解し自身の研究に活用できるようになることを目的としています。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
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* 8min52sec
2023-03-01TeX Liveは、電子組版のためのフリーソフトウェアであるTeX
に関連するソフトウェアがパッケージされたディストリビューションの一つで、自分のPCでTeXを使用したい場合に利用します。
今回は、Windowsマシンに環境構築が容易なTeX Live 2022
をインストールして、コンパイルを行う方法を紹介します。また、高機能エディターである「Visual Studio Code
(VSCode)」を用いて、ローカルな環境でLaTeXを快適に利用するための環境設定の方法について紹介します。サンプルファイルと環境設定に用いる設定ファイルはこちらから取得できます。
※2023年3月19日にTeX Live
2023がリリースされました。2022版と仕様変更があり、動画で紹介している内容が一部再現できなくなっているのでご注意ください。
* 12min24sec
2023-11-14PathVisioは、生物学的なパスウェイ図の描画、編集、解析が可能な無料のオープンソースのソフトウェアです。このソフトウェアは、生物の各種パスウェイに関する情報を統一された形式で共有するオープンアクセスのプラットフォーム「WikiPathways」と密接に連携しています(統合TV動画マニュアル)。本動画では、論文に掲載されたパスウェイ図をもとに、WikiPathways向けの解析・可視化・編集可能なパスウェイ図を作成し、公開する手順を紹介します。
* 37min48sec
2023-11-17本日の統合TVは、2023年11月12日に開催された特別授業＆体験型ワークショップ「分子系統樹をつくろう」から、 広島大学
理学部生物科学科 大学院統合生命科学研究科 ゲノム情報科学研究室 坊農 秀雅 氏 による「研究がつなぐ未来
バイオインフォマティクスの役割」をお送りします。
* 11min24sec
2021-05-31RaNA-Seqは、University of
Salamancaの研究者により開発されたRNA-seq生データ(FASTQファイル)を入力データとしてウェブブラウザ上でデータ解析ができるクラウドプラットフォームです。(原著論文:
RaNA-Seq: interactive RNA-Seq analysis from FASTQ files to functional
analysis)
FASTQファイルの定量化、品質チェック、遺伝子発現解析、機能解析による生物学的解釈などの一連のRNA-seqデータ解析を、これらの解析に経験のない利用者のために設計され簡潔なウェブインターフェースで実行することができます。各解析は、入力パラメータを設定してカスタマイズすることができ、それらのプロトコルも共有可能です。解析結果は、インタラクティブなグラフィックとレポートとして表示され、解釈がしやすくなっているほか、論文の図表として出力することも可能です。
今回は、ヒトの培養細胞(コントロール)と H2O2を晒した培養細胞のRNA-seqデータ(Study Accession ID:
PRJNA254790)を例として、RaNA-seqの使い方を紹介します。
* 1h29min34sec
2023-01-13本日の統合TVは、2022年12月22日に開催された統合データベース講習会:AJACSオンライン14から、大阪大学
免疫学フロンティア研究センター 安水 良明 氏 による「ブラウザ上でRNA-seqデータを解析する」(講習スライド)をお送りします。
本講習では、バルクRNA-seq下流解析ができるようになることを目的として、ウェブブラウザを用いたバルクRNA-seq解析ツールであるiDEPの使い方をハンズオン形式で講習するとともに、類似ツールであるBioJupiesやRaNA-seqについても紹介しています。また、胸腺腫合併重症筋無力症の実データを用いた解析実例も紹介しています。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
* 6min53sec
2023-11-10Reactome
はヒトの生体中での反応やパスウェイを整備したデータベースです。それぞれの分野の専門家が編集しているため、信頼性の高いデータが得られます。代謝以外にもシグナル伝達や膜輸送、感染など様々なパスウェイが扱われています。DNA
マイクロアレイやプロテオーム解析、メタボローム解析の結果を解釈する際にも利用できます。今回は、実験で得た遺伝子やタンパク質などのリストを用いて、それらの分子がより深く関与するreactomeのパスウェイを(相互作用因子を含めて)検索したり、(時系列を含む)発現量のデータをパスウェイにマッピングして可視化する方法などについて紹介します。
* 8min59sec
2023-10-30NCBI GEO (Gene Expression
Omnibus)はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。GEOには、主にRNA-seqやマイクロアレイ実験で得られたデータが日々蓄積されており、その登録データ数は世界最大です。それらの中から、自分の興味のある発現データセットや遺伝子プロファイルを検索することができるだけでなく、それらの生データを自由にダウンロードすることが可能です。
今回は、Macのターミナルを使用してRNA-seq解析に必要なデータのダウンロード方法と、fastqファイルの作成までを紹介します。動画の前半部分ではデータをダウンロードする前に必要な準備としてHomebrewを用いた環境構築方法について説明しています。後半では、導入したSRA
Toolkit や pigzを用いて複数のRNA-seqデータを並列にダウンロードし、圧縮保存する方法について説明しています。
* 31min20sec
2023-10-20 本日の統合TVは、2023年10月5日に開催されたトーゴーの日シンポジウム2023 の招待講演セッションから赤池 伸一 (内閣府
科学技術・イノベーション推進事務局 参事官) 氏 による、｢日本のオープンサイエンス政策について｣をお送りします。講演要旨は以下のとおりです。
本年5月に我が国で開催されたG7首脳会合及び科学技術大臣会合においてオープンサイエンスは主要項目とされているとともに、第6期科学技術・イノベーション基本計画においても「新たな研究システムの構築（オープンサイエンスとデータ駆動型研究の推進）」を明記し、積極的に推進している。最近は学術論文だけでなく、プレプリントや研究データなど研究成果の発信の形態も多様化しており、最近のオープンサイエンスを巡る政策動向について概説するとともに、今後の課題を示す。
本シンポジウムの一連の動画は、YouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
* 8min29sec
2023-05-01バイオインフォマティクスの解析ツールを実行するために自身のコンピュータにPython環境を用意する必要がある場合がありますが、環境構築やバージョン管理などに起因するトラブルに見舞われることがあります。Dockerと呼ばれる、コンテナ型仮想化技術を用いてアプリケーションの実行環境を準備できるプラットフォームを用いることによって、それらのデメリットを回避できることに加え、マシン間での環境共有が容易になるなどのメリットがあります。
Windows 10やWindows 11では、Linux 用 Windows サブシステム (Windows Subsystems for Linux:
WSL)を導入することで、Linuxを仮想的に実行するための環境を整えることができます。WSLは、｢本物のLinux｣でありながらWindowsの一部としてシームレスに使えるという点が特徴です。今回はその後継版である「WSL2」を導入し、Ubuntuをインストールした環境(動画マニュアル)で、Docker
Desktopをインストールし、Pythonの環境構築をする方法について紹介します。また、高機能エディターである「Visual Studio Code
(VSCode)」を用いて、Dockerを利用するための設定方法やPythonファイルをVSCodeで編集する方法についても紹介します。
* 5min59sec
2012-11-19ImageJは、NIH(National Institutes of
Health)が開発した画像解析フリーウェアです。本ツールを利用して、TIFF・JPEGなど多くの形で保存された画像の編集・解析を行うことができます。今回は、ImageJのダウンロード、およびImageJを利用したゲル写真の半定量を行う方法を説明しています。
* 9min54sec
2020-04-23Zoteroは、米国 ジョージ・メイソン大学 Roy Rosenzweig Center for History and New
Media (RRCHNM)
が開発・公開している、研究論文を収集、整理、引用、共有するのに役立つ無料で使いやすい文献管理ソフトウェア・ウェブツールです。Zoteroのスタンドアロンソフトウェア(本動画作成時点はZotero
5.0)では、PMID (PubMed
ID)を入力するだけで、文献書誌情報やオープンアクセスの場合は論文PDFまで自動でインポートすることができたり、タグ付けや関連論文などの管理をすることができます。ウェブブラウザの拡張機能として導入できるZotero
Connectorと組み合わせることで、PubMed や Google
Scholarなどで論文検索をした際に、ワンクリックで文献書誌情報をZoteroに登録することができます。また、Microsoft Word や
Google
Docsへの引用・参考文献挿入プラグインが提供されているほか、多数の雑誌の様式に準拠した参考文献リストの出力にも対応しているため、簡単に引用文献リストを原稿中に挿入することができます。
* 7min50sec
2017-08-11Primer
BLAST(ぷらいまーブラストと発音します)は、与えられた配列をPCRで増幅するためのPrimer設計ツールです。同様のツールとしてはPrimer3が挙げられますが、Primer
BLASTの良いところはエキソン・イントロン境界を挟むよう指定できる点やPrimerの配列特異性をあらかじめ考慮して設計できる点、またその確認が同ツールの中でできる点などがあります。
ここでは、ヒトGAPDHに対するプライマー設計を例として、設定可能なパラメータ項目の説明を交えながらPrimer BLASTの使い方を紹介します。
* 10min8sec
2011-07-05MEGA (Molecular Evolutionary Genetics
Analysis)は、DNA、タンパク質配列データの分子進化・系統学的解析を行うためのフリーのソフトウェアで、Tamura K
らによって作成されています。MEGAの特徴は、シークエンサーのファイル（ab1, abi,
scfなど）を直接読み込めるため、波形データと配列データを一緒に解析できることです。また、Windows、Mac
OS、Linuxとマルチプラットフォームで動作します。
今回は、いくつかの遺伝子（PPARやTP53など）を例として、多重アラインメントの実行と系統樹を作成する方法を説明します。
* 45min35sec
2020-12-25本日の統合TVは、2020年12月23日に開催されたInfomics Career 勉強会
からライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 小野 浩雅 による「バイオインフォマティクス超入門!
統合TVを使い倒して必要なスキルを身につけよう!」をお送りします。約45分です。
11月にリニューアルされた「統合TV」の機能や使い方を実演を交え紹介します。バイオインフォマティクスを学ぼうとする初学者の方など各人が必要とするバイオインフォマティクスのスキルを身につけるための方法を知り、独習できるようになることを目指します。
講演スライドPDFはこちらからご覧いただけます。
* 8min45sec
2020-01-18iDEP (integrated Differential Expression and Pathway
analysis)は、ウェブブラウザ上でRNA-seqデータ解析を行うことができるウェブツールです(原著論文: "iDEP: an integrated
web application for differential expression and pathway analysis of RNA-Seq
data")。RNA-seqやマイクロアレイ、ChIP-seq実験等で得られた遺伝子発現データ（リードカウントまたはFPKM）を入力として与えると、ヒートマップやPCA、発現差解析、パスウェイ解析、エンリッチメント解析、バイクラスタリング法および共発現ネットワーク解析などの一連のデータ解析をインタラクティブに実行することができます。
* 10min55sec
2017-05-11Primer3はPCR用のプライマーを設計するためのツールです。PCR実験成功の可否は、プライマー設計によるところが大きいですが、本ツールはWebブラウザ上で、実験条件に合った様々なパラメータを考慮しながらプライマー設計を行うことが可能です。ここでは例としてヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome
proliferator-activated receptor(PPAR)
gammaの塩基配列をサンプル配列として、設定可能なパラメータ項目の説明を交えながらPrimer3の使い方を説明します。
* 4min32sec
2017-03-21NCBI
BLAST(えぬしーびーあいブラストと発音します)は、問い合わせ配列に類似した配列をデータベース中から検索するツールです。BLASTの名称はBasic
Local Alignment Search
Toolの頭文字に由来しており、配列解析には欠かせない、基本的なツールです。塩基配列を問い合わせ配列として、nr/ntデータベース（冗長性を排した塩基配列データベース）に対して検索を行い、機能を推定する使い方を説明します。もちろん、塩基配列だけではなく、アミノ酸配列に対しても使えます。
* 22min19sec
2023-03-19TeX Liveは、電子組版のためのフリーソフトウェアであるTeX
に関連するソフトウェアがパッケージされたディストリビューションの一つで、自分のPCでTeXを使用したい場合に利用します。 今回は、Linux 用
Windows サブシステム (Windows Subsystems for Linux:
WSL)の後継版であるWSL2上のUbuntu(設定方法の動画マニュアル)にTeX Live 2022
をインストールして、LaTeXのコンパイル環境を構築する方法を紹介します。WSL2を用いることでWindows版のTeX
Liveよりも高速なコンパイルが可能です。 また、高機能エディターである「Visual Studio Code
(VSCode)」を用いて、LaTeXを快適に利用するための環境設定の方法について紹介します。サンプルファイルと環境設定に用いる設定ファイルはこちらから取得できます。
※2023年3月19日にTeX Live
2023がリリースされました。2022版と仕様変更があり、動画で紹介している内容が一部再現できなくなっているのでご注意ください。
* 8min52sec
2019-04-01GSEA softwareは米国Broad Instituteによって提供されているGSEAを行うソフトウェアです。Gene Set
Enrichment Analysis (GSEA)
は、予め用意した遺伝子セットが異なる条件下でどう振舞うかを調べる手法です。これを利用してさまざまな発現プロファイルを解釈することができます。詳しいアルゴリズムは、Gene
Set Enrichment Analysis PNAS paper (pdf)を参照してください。今回は、GSEA
softwareのGUI版の導入と設定方法の解説とともにデモデータを用いた簡単な解析を行いながら、GSEA softwareで何ができるかを示します。
* 5min53sec
2013-02-06ImageJは、NIH(National Institutes of
Health)が開発した画像解析フリーウェアです。本ツールを利用して、TIFF・JPEGなど多くの形で保存された画像の編集・解析を行うことができます。
前回「ImageJを利用して画像を処理・解析する」の動画では、ImageJのダウンロード、およびImageJを利用したゲル写真の半定量を行う方法を紹介しました。
今回は、ImageJを利用して、1.複数の画像を重ねあわせる方法、2.細胞数を手動でカウントする方法、3.画像中にスケールバーを挿入する方法、を紹介します。
* 12min20sec
2020-07-16Paperpileは、Google DocsやGoogle
Scholarとの連携に重点を置いたWebベースの商用文献管理ソフトウェアです。(30日間無料で試用でき、その後は月額2.99ドルと気軽に利用できます。)
米国Paperpile LLC社が2012年からサービスしています。Paperpileの一部はGoogle Chromeの拡張機能として実装されています。
Paperpileは、学術出版社のウェブサイトやPubMed、Google
Scholar、arXivなどのデータベースやプレプリントサーバからデータをワンタッチでインポートすることができます。Paperpileを通じて、論文PDFファイルを取得し、ユーザ自身のGoogle
Driveアカウントに保存することができます。また、Google
Docsとの連携機能を利用して、収集した論文の書誌情報をもとに引用リストを様々なフォーマットで作成することができます。さらに、Paperpileは、Mendeley、Zotero、Papersといった著名な文献管理ソフトウェアからもデータを移行することができます。
* 14min56sec
2020-05-11Mendeleyは無料で使える文献管理ツール/SNSです。Windows、Mac、Linuxに対応したデスクトップ版、ブラウザを利用できるウェブ版、スマホやタブレットに対応したモバイル版があり、それぞれを連携させることで、いつでもどこでも文献を閲覧、管理することができます。
ファイルのドラッグ&ドロップでタイトル・著者・雑誌名等の情報を抽出してくれる機能や、複数のコンピュータやモバイル端末間で同期できる、ユーザー同士の公開/非公開グループで情報の共有ができる、Microsoft
Word での引用や参考文献リストが作成できる(Google Docsは未対応)など様々な特長があります。
* 4min0sec
2021-03-18RStudio Cloud は RStudio 社が提供するクラウド上で RStudio(導入編動画)
を利用できるウェブツールです。自分のコンピュータにRやRStudioをインストールせずにこれらのツールを利用することができるのが利点です。ブラウザから操作でき、無料アカウントでも複数人でプロジェクトを共有することができます。無料アカウントでは利用できるリソースに制限があります。有料アカウントでは、利用可能な
CPU やメモリが増え、プロジェクト数の制限もありません。
この動画では、作図パッケージggplot2をインストールして作図する例とともに、実戦的なベンチマークとしてNCBI
GEO2Rで得られるRコード(参考動画: NCBI
GEOのGEO2Rを使って公開されているマイクロアレイデータを解析する)を実行して結果を得る例を示しています(実行したRコード)。データ数などにも影響されるのであくまでも参考情報ですが、NCBI
GEO2Rで実行されるような解析を行うと無料アカウントで利用可能なメモリは上限付近に達しました。
* 8min48sec
2023-03-02UTMは、macOS用の仮想環境構築ソフトウェアです。仮想環境では､1つのOS内で異なるOSのアプリケーションを動かすことができます。今回は、UTMを使ってM1
Mac (macOS Monterey ver.12.6, MacBook Pro 2021, Chip: Apple M1 Max, RAM:
64GB) 上でLinux(Ubuntu)の仮想環境を構築し、遺伝子発現解析ツール(DESeq2)をインストールし実行する手順について紹介します。
* 6min11sec
2023-01-31Cloud LaTeX は、株式会社アカリクが運営する、日本語に対応したオンラインのLaTeX(ラテフ)
編集・コンパイルサービスで、ブラウザ上でLaTeXを用いた文章執筆をすることができます。類似のサービスとしてOverleaf (参考:
統合TVの動画マニュアル)がありますが、Cloud LaTeX
は日本語などのマルチバイト言語に対応しており、日本語で文章執筆する際に便利です。履歴書から学術論文に至るまで豊富なテンプレートが用意されていることに加えて、LaTeX
に基づいてプレゼンテーションスライドを作成するためのツールであるBeamerのテンプレートも用意されています。本動画では Cloud LaTeX
のアカウントを作成する方法から実際に文章やスライドを作成する方法について実際のテンプレートを使いながら紹介します。
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