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Title: Target Capture Sequencing of SARS-CoV-2 Genomes Using the ONETest Coronaviruses PlusBackground Genomic sequencing is important to track and monitor genetic changes in SARS-CoV-2. We introduce a target capture next-generation sequencing methodology, the ONETest Coronaviruses Plus, to sequence SARS-CoV-2 genomes and select genes of other respiratory viruses simultaneously. Methods We applied the ONETest on 70 respiratory samples (collected in Florida, USA between May and July, 2020), in which SARS-CoV-2 had been detected by a qualitative PCR assay. For 48 (69%) of the samples, we also applied the ARTIC protocol for Illumina sequencing. All the libraries were sequenced as 2×150 nucleotide reads on an Illumina instrument. The ONETest data were analyzed using an in-house pipeline and the ARTIC data using a published pipeline to produce consensus SARS-CoV-2 genome sequences, to which lineages were assigned using pangolin . Results Of the 70 ONETest libraries, 45 (64%) had a complete or near-complete SARS-CoV-2 genome sequence (> 29,000 bases and with > 90% of its bases covered by at least 10 reads). Of the 48 ARTIC libraries, 25 (52%) had a complete or near-complete SARS-CoV-2 genome sequence. In 24 out of 34 (71%) samples in which both the ONETest and ARTIC sequences were complete or near-complete and in which lineage could be assigned to both the ONETest and ARTIC sequences, the SARS-CoV-2 lineage identified was the same. Conclusions The ONETest can be used to sequence the SARS-CoV-2 genomes in archived samples and thereby enable detection of circulating and emerging SARS-CoV-2 variants. Target capture approaches, such as the ONETest, are less prone to loss of sequence coverage probably due to amplicon dropouts encountered in amplicon approaches, such as ARTIC. With its added value of characterizing other major respiratory pathogens, although not assessed in this study, the ONETest can help to better understand the epidemiology of infectious respiratory disease in the post COVID-19 era. ### Competing Interest Statement S. H. Z., S. M. A., B. S. K., M. H. L., J. K., and H. D. are current or former employees and/or shareholders of Fusion Genomics Corp. H. J. H. and K. H. R. do not have competing interests to declare.
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Title: Fusion Genomics Clinically Validating NGS Test for Infectious Disease; Eyes 2020 FDA SubmissionThe firm has opened a $10 million Series A financing round that it expects to close in late summer to support running clinical studies for its assay.
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Title: https://lnkd.in/eTD9QSJ
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Title: Fusion Genomics Wins $1M to Assess NGS-Based Respiratory Tract Infection AssayThe clinical study will evaluate a next-generation sequencing-based test, which has the potential to detect all known respiratory pathogens in 12 hours.
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Title: Innovate UK Awarding Up to £5M to Develop Genomic Analysis TechnologiesFunding intended to help genomic analysis, nucleic-acid-based Dx businesses invest in equipment to help take new products to market.
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Title: Groups Report Progress, Challenges in Using Metagenomic Sequencing for Infectious Disease DxAt IDWeek 2018, several labs reported that they are now using or developing metagenomic NGS tests to diagnose central nervous system infections.
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Title: Towards a genomics-informed, real-time, global pathogen surveillance systemNature Reviews Genetics - Next-generation sequencing has the potential to support public health surveillance systems to improve the early detection of emerging infectious diseases. This Review...
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Title: https://lnkd.in/g8gucSP
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Title: Fusion Genomics Developing Infectious Disease Dx Using Synthetic Oligonucleotide Probes, NGSFusion originally developed its synthetic capture probe technology for cancer gene fusion assays but is repurposing it to diagnose infectious diseases.
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Title: Pivotal IQIBM cloud capabilities selected by Fusion Genomics Corporation to help advance Fusion’s ability to detect pandemics before they happen.
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Title: https://lnkd.in/gfWv6BB
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Title: IBM Newsroom
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Title: http://www-03.ibm.com/press/us/en/pressrelease/53389.wss
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Title: BIOASTER
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Title: Greg Stazyk
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Title: Dino Trevisani
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Title: IBM Events | IBMSearch IBM events. Register and attend IBM event experiences that will connect you with experts.
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Title: Geisinger Health System to Launch Free Clinical Exome Sequencing Pilot to Predict Disease RiskThe pilot builds off the MyCode Community Research Health Initiative, for which Regeneron has been sequencing the exomes of Geisinger participants.
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Title: https://lnkd.in/ePrn4dG
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Title: This Canadian company is trying to stop the next pandemicThe next pandemic could be the worst one. But what if we could stop it? A Vancouver-based gene sequencing company is using IBM’s cloud capabilities
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Title: Application of next generation sequencing in clinical microbiology and infection preventionCurrent molecular diagnostics of human pathogens provide limited information that is often not sufficient for outbreak and transmission investigation.…
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Title: Fry Laboratories Developing NGS-Based Infectious Disease DiagnosticsThe firm offers two clinical assays, and is in discussions with Qiagen about developing its assays for the GeneReader.
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Title: https://lnkd.in/e9XixNU
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Title: Vancouver-based company wants to take 'undiagnosed' out of the medical vocabularyFusion Genomics has developed a process to identify any known pathogen within about 12 hours
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Title: http://business.financialpost.com/technology/cio/vancouver-based-company-wants-to-take-undiagnosed-out-of-the-medical-vocabulary
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Title: https://lnkd.in/gprqEEA
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Title: BC-led Digital Technology Supercluster awarded federal funding to transform Canada’s fastest-growing tech sector - Digital Technology SuperclusterThis content is restricted to site members. If you are an existing user, please log in. New users may register below.Existing Users Log InUsername or EmailPassword Remember Me New User RegistrationFirst Name*Last NameEmail*Choose a Username*Password*Confirm Password**Required field
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Title: Home - Welcome to Genome PrairieWelcome to Genome Prairie
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Title: https://youtu.be/p6CCoOV0da4
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Title: HiberGene to Launch Three Multiplex Infectious Disease Tests by Year End; Seeks US PartnerThe Dublin-based company also aims to raise up to €5 million this year to support additions to its R&D and sales and marketing teams.
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Title: Fusion Genomics
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Title: Genetic Engineering & Biotechnology News
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Title: #IDWeek2022
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Title: @SupRichmondBC
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Title: @cbreCanada
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Title: #lsinw
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Title: #LSINW2022
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Title: @mqadir_FG
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Title: #infectious
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Title: lifesciencewa.org/events/life-sc…
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Title: #infectiousdiseases
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Title: #variants
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Title: @UFMedicine
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Title: @lifesciences_bc
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Title: Life Sciences BC
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Title: #lifesciences
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Title: #BioDigital2021
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Title: #LSBCMember
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Title: #BCBioTech
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Title: https://t.co/hqXFaRy8fB
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Title: buff.ly/2Pjd1sc
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Title: #hiring
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Title: #coronavirus
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Title: #diagnostics
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Title: #respiratory
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Title: buff.ly/2U50x8F
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Page URL History
This captures the URL locations of the websites, including HTTP redirects and client-side redirects via JavaScript or Meta fields.
-
http://www.fusiongenomics.com/
HTTP 301
https://www.fusiongenomics.com/ Page URL
Redirected requests
There were HTTP redirect chains for the following requests:
Request Chain 74- https://px.ads.linkedin.com/collect?v=2&fmt=js&pid=338148&time=1680147150438&url=https%3A%2F%2Fwww.fusiongenomics.com%2F HTTP 302
- https://www.linkedin.com/px/li_sync?redirect=https%3A%2F%2Fpx.ads.linkedin.com%2Fcollect%3Fv%3D2%26fmt%3Djs%26pid%3D338148%26time%3D1680147150438%26url%3Dhttps%253A%252F%252Fwww.fusiongenomics.com%252F%26liSync%3Dtrue HTTP 302
- https://px.ads.linkedin.com/collect?v=2&fmt=js&pid=338148&time=1680147150438&url=https%3A%2F%2Fwww.fusiongenomics.com%2F&liSync=true HTTP 302
- https://px4.ads.linkedin.com/collect?v=2&fmt=js&pid=338148&time=1680147150438&url=https%3A%2F%2Fwww.fusiongenomics.com%2F&liSync=true&e_ipv6=AQLkViq5q4NRYAAAAYcwkveZkCh3FniEhCYMZaxY0E9M3AfX2jhRK3cVrCYFzY3xSjGEC2V0fPWCKSLwE4_J8nAr-SLyUw
361 HTTP transactions
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2 KB 709 B |
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1 B 211 B |
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973 B 840 B |
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96 JavaScript Global Variables
These are the non-standard "global" variables defined on the window object. These can be helpful in identifying possible client-side frameworks and code.
object| 0 object| 1 boolean| credentialless object| html5 object| Modernizr function| yepnope object| respond string| mi_version boolean| mi_track_user string| mi_no_track_reason object| disableStrs function| __gtagTrackerIsOptedOut undefined| index function| __gtagTrackerOptout function| gaOptout function| __gtagDataLayer function| __gtagTracker object| dataLayer object| MonsterInsightsDualTracker function| gtag function| __gaTracker object| _wpemojiSettings function| MonsterInsights object| MonsterInsightsObject object| monsterinsights_frontend function| $ function| jQuery object| google_tag_manager object| google_tag_data string| GoogleAnalyticsObject function| ga object| gaplugins object| gaGlobal object| gaData object| jQuery11120226597586308094 function| VcRowAdjuster object| wpcf7 function| EventEmitter object| eventie function| imagesLoaded function| getStyleProperty function| getSize function| docReady function| matchesSelector object| fizzyUIUtils function| Outlayer function| Masonry object| wp function| vc_js function| getSizeName function| loadScript function| vc_ttaActivation function| vc_accordionActivate function| initVideoBackgrounds function| vc_initVideoBackgrounds function| insertYoutubeVideoAsBackground function| vcResizeVideoBackground function| vcExtractYoutubeId function| vc_googleMapsPointer string| screen_size function| vc_plugin_flexslider function| vc_googleplus function| vc_pinterest function| vc_progress_bar function| vc_waypoints function| vc_toggleBehaviour function| vc_tabsBehaviour function| vc_accordionBehaviour function| vc_teaserGrid function| vc_carouselBehaviour function| vc_slidersBehaviour function| vc_prettyPhoto function| vc_google_fonts boolean| vcParallaxSkroll function| vc_rowBehaviour function| vc_gridBehaviour function| getColumnsCount function| wpb_prepare_tab_content object| wpcf7iqfix object| ___grecaptcha_cfg object| grecaptcha string| __recaptcha_api boolean| __google_recaptcha_client object| recaptchaWidgets function| recaptchaCallback string| _linkedin_data_partner_id object| recaptcha object| closure_lm_18775 object| twemoji function| lintrk boolean| _already_called_lintrk function| initManificPopupPlugin function| jQueryBridget function| EvEmitter function| moment function| Swiper10 Cookies
Cookies are little pieces of information stored in the browser of a user. Whenever a user visits the site again, he will also send his cookie values, thus allowing the website to re-identify him even if he changed locations. This is how permanent logins work.
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28 Console Messages
A page may trigger messages to the console to be logged. These are often error messages about being unable to load a resource or execute a piece of JavaScript. Sometimes they also provide insight into the technology behind a website.
Source | Level | URL Text |
---|
Security Headers
This page lists any security headers set by the main page. If you want to understand what these mean and how to use them, head on over to this page
Header | Value |
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Indicators
This is a term in the security industry to describe indicators such as IPs, Domains, Hashes, etc. This does not imply that any of these indicate malicious activity.
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